Dans un monastère isolé de l'Australie des années 1940, une mission pour les enfants aborigènes est dirigée par une nonne rebelle, Sœur Eileen (Cate Blanchett). Une nouvelle recrue (Aswan Reid) est livrée au milieu de la nuit - un garçon qui semble avoir des pouvoirs spéciaux. Lorsque le monastère prend possession d'une précieuse relique, une grande sculpture du Christ sur la croix, le nouveau garçon rencontre Jésus pour la première fois et est fasciné. Cependant, la vie spirituelle indigène du garçon ne correspond pas au christianisme de la mission et son pouvoir mystérieux devient une menace. Sœur Eileen est confrontée à un choix entre les traditions de sa foi et la vérité incarnée par le garçon, dans cette histoire de lutte spirituelle et du coût de la survie